院长联席会2003年年会于9月12日—16日在兰州大学召开。出席会议的有教育部副部长吴启迪、国家发改委财政司领导、财政部有关司局领导和国务院学位办主任周其凤、副主任王亚杰、李军以及学位办各处处长，全国57所研究生院的院长或常务副院长参加了会议。

上海交通大学叶取源副校长主持了开幕式。兰州大学校长致欢迎词并简单介绍了兰州大学的情况；甘肃省政府领导致辞并向与会人员表示了欢迎、向大会表示了祝贺；吴启迪副部长在会上做了重要报告，对今后一段时期的工作做了部署并提出了要求。会上，王亚杰副主任传达了第20次国务院学位委员会会议精神；国家发改委财政司徐司长作了重要报告；国务院学位办梁国雄处长做了有关“研究生教育成本分担”的报告；北大、清华、哈工大、复旦、上交大、华东师大、中国科大、华中科大、兰州大学等10所大学作了大会交流发言。在闭幕式上，清华大学陈皓明院长通报了关于成功举办全国首届博士生论坛的有关情况；重庆大学方桢云院长、西北工业大学张骏院长介绍了研究生教育创新工程资助项目“研究生创新基地”的运作情况；学位办周其凤主任还介绍了学位办今后几年的工作设想和大致规划。

在本次年会上，还顺利完成了联席会主席单位的换届工作。北京大学研究生院常务副院长张国有代表首届主席单位院长就院长联席会成立的背景、性质、任务以及四年来所开展的工作向大会作了汇报，全体院长对联席会首届主席单位在任期内的工作给予了高度的评价，并鼓掌通过了第二届主席单位（北京大学研究生院、清华大学研究生院、复旦大学研究生院、吉林大学研究生院）人选。新一届主席单位院长表示，不辜负国务院学位办领导的希望和大家的信任，配合秘书处，努力把联席会的工作做好！