2004年3月28日—31日联席会秘书处在北京大学正大国际会议中心召开了主席单位院长扩大会议，就有关“研究生培养机制改革”和“研究生院建设”的问题进行了研讨。

出席会议的有国务院学位办主任周其凤院士、梁国雄处长、孙也刚处长、赵玉霞处长、徐维清副处长和北京大学、清华大学、复旦大学、吉林大学、上海交通大学、华中科技大学的研究生院院长、常务副院长。会议讨论并形成了提交给联席会2004年工作会议（厦门）讨论的“关于改革研究生培养机制的建议意见（讨论稿）”，会议还就研究生院建设的有关问题进行了讨论。可以说此次会议是一次为联席会工作会议（厦门会议）做准备的预备会议。